جهت پیگیری مشکلات احتمالی و مغایرت‌های ایجاد شده در تراکنش‌های سامانه پایا می‌توانید از طریق ارتباط با بخش های زیر امور مربوطه را پیگیری نمایید.
تلفن واحدهای سامانه پایا بانک‌ها جهت تماس:
| نام بانک | شماره تلفن |
| ملی ایران | 33952584- 33953689 دور نگار 33910754 |
| سپه | 66746439-35912801-35912800-66740769- 66740246 |
| رفاه کارگران | 7- 82188306-88054975-82188562 |
| صادرات | 84763075-84762907-84762252-84763076-88833707 |
| کشاورزی | 84893407-84893976-84893975 |
| قرض الحسنه مهر ایران | 89590202 |
| ملت | 77168301—77984763 |
| سامان | 23095436-23095424-23095413-23095412 |
| پارسیان | 84842565-84842557-84842523 |
| تجارت | 77613771—77613805 |
| کارآفرین | 26215061 |
| توسعه صادرات ایران | 81922616-88700929–88700924 |
| پست بانک | 81562045-88938797 |
| صنعت و معدن | 27874057—27874027–27873154 |
| مسکن | 71-64572470 |
| موسسه اعتباری توسعه | 88883000-88677854 |
| سینا | 4-85573123 |
| پاسارگاد | 82890-021 |
| سرمایه | 3-84245252 |
| اقتصاد نوین | 48031000-82331057-82331095- 82331096-82332095 |
| توسعه تعاون | 27591236 و 27591242 |
| آینده | 85932234-85932232 |
| گردشگری | 22634629 |
| انصار | 26112013 |
| شهر | 66735540–66728896 |
| حکمت ایرانیان | 89571230-89571228 |
| ایران زمین | 7-26401560 داخلی 563و 564(پایا: 26401555-22913874) |
| بانک دی | 28931287 |
| بانک قرض الحسنه رسالت | 77684750 |
| قوامین | 5151 داخلی (1919) |
| بانک خاور میانه | 5-88623740 و 42178508 |
